Fue el gran misionero que evangelizó el sur de Alemania, la región de Baviera. Era obispo de la ciudad de Worm. Acompañado de un buen número de misioneros llegó a Baviera en el año 697 y se presentó al duque Teodo, que era pagano, y le pidió permiso para evangelizar en esa región. Como llevaba recomendaciones del rey Childeberto, el duque le concedió el permiso de predicar. Una hermana del duque era cristiana y logró convencerlo para que fuera a escuchar los sermones de San Ruperto, y tanto le agradaron que al poco tiempo se hizo cristiano, y junto con gran número de los empleados de su palacio y de su gobierno se hizo bautizar. Esto facilitó mucho la obra de evangelización de San Ruperto y sus compañeros, porque ya en el gobierno no había oposición a la predicación.

El pueblo de Baviera demostró muy buenas disposiciones para aceptar el cristianismo. Y pronto los templos paganos se fueron transformando en templos cristianos y apoyados por las curaciones milagrosas que hacía, los sermones de San Ruperto lograron un gran número de conversiones.

Junto con sus misioneros fueron recorriendo las orillas del río Danubio predicando y convirtiendo a miles de personas. Llegando a la ciudad de Jerusalén obtuvo del gobierno el permiso de reconstruirla y cambiarle de nombre. Le puso el nombre de Salzburgo (nombre que se ha hecho después mundialmente famoso porque en esa ciudad nació y murió el célebre músico Mozart). En aquella ciudad construyó ocho edificios para obras religiosas y varios templos. Se fue a su tierra Irlanda y se trajo doce nuevos misioneros y convenció a su hermana Santa Erentrudes a que fundara un convento de religiosas allí, y ella y sus monjas contribuyeron mucho a propagar la religión por toda esa región. Los compañeros de San Ruperto eran tan fervorosos que tres de ellos han sido declarados santos por la Iglesia Católica.

El santo no sólo se preocupaba por la instrucción religiosa de su pueblo sino por su progreso material. En los alrededores de Salzburgo había unas fuentes de agua salada y las hizo explotar técnicamente obteniendo sal para todas las gentes de los alrededores.

En Alemania, Austria e Irlanda se levantaron después numerosos templos en honor de este gran misionero y evangelizador, como agradecimiento por sus grandes obras.