Al llegar Ponciano a la Cátedra de Pedro, en el año 230, encontró a la Iglesia dividida por un cisma, cuyo autor era el sacerdote Hipólito, un maestro afamado por su conocimiento de la Escritura y por la profundidad de su pensamiento. Hipólito no se había avenido a aceptar la elección del diácono Calixto como papa (217) y, a partir de ese momento, se había erigido en jefe de una comunidad disidente, estimando que él representaba a la tradición, en tanto que Calixto y sus sucesores cedían peligrosamente al último capricho. El año 235 estalló la persecución de Maximiano. Constatando que los cristianos de Roma se apoyaban en los dos obispos, el emperador mandó que arrestasen a ambos, y les condenó a trabajos forzados. Para que la Iglesia no se viera privada de cabeza en circunstancias tan difíciles, Ponciano renunció a su cargo e Hipólito hizo otro tanto. Deportados a Cerdeña, se unieron en una misma confesión de fe, y no tardaron en encontrar la muerte. Después de la persecución, el papa Fabián (236-250), pudo llevar a Roma los cuerpos de ambos mártires. El 13 de agosto es precisamente el aniversario de esta traslación. Pronto se echó en olvido que Hipólito había sido el autor del cisma. Sólo se tuvo presente al mártir y doctor, hasta tal punto que un dibujo del siglo IV asocia sus nombres a los de Pedro y Pablo, Sixto y Lorenzo.